Contra todo pronóstico, Cienciano logró ganar la Copa Sudamericana del 2003. El equipo peruano conformado por jugadores que no fueron tomado en cuenta por varios equipos. Con un presupuesto no tan grande, el club cusqueño logro ganar la competencia en Arequipa, ciudad donde no son locales, y que hoy está de aniversario.
Luego de eliminar en semifinales a Atlético Nacional de Colombia (el equipo más ganador del país cafetero), Cienciano enfrentó en la final a River Plate. Tenían todas las de perder, el equipo argentino tenía un plantel superior en lo económico y con larga experiencia en estos campeonatos.
Pese a la diferencia en la previa, Cienciano logró sacar un gran empate (3-3) en el Estadio Monumental. Germán Carty, Santiago Acasiete y Giuliano Portilla anotaron los goles. El primer golpe se había dado en Argentina y tocaba cerrar de local en la altura del Cusco, donde habían sido imbatibles, pero esa posibilidad se le fue negada.
Debido a una regla de la Conmebol, la cual no permitía jugar una final en un estadio con una capacidad menor a 40 mil espectadores, Cienciano no pudo disputar la final en el estadio Garcilaso del Cusco, que por entonces solo contaba con un aforo de 28 mil espectadores.
Tuvieron que mudarse al estadio de la UNSA, que si contaba con la capacidad exigida. El partido más importante de la historia de un club peruano terminó con un triunfo por 1-0 con gol de Carlos Lugo. Cienciano hacía historia siendo el primer equipo nacional en ganar una competencia internacional.
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