La Universidad San Martín cayó 4-0 en la última fecha de la Fase 2 de la Liga 1 y descendió a la segunda división. El cuadro blanco terminó así su estadía en la máxima categoría del fútbol peruano. Desde 2004, año en que le compró la categoría al Deportivo Coopsol, los santos fueron un club serio desde lo dirigencial y como consecuencia de ello consiguieron algunos éxitos deportivos.
Su temporada más dura hasta ahora era la de su debut en primera división. En el Apertura de ese año solo sumó 10 puntos y quedó comprometido considerablemente con la baja. Una segunda mitad de año arrolladora, en la que quedó segundo en el Clausura, le permitió mantenerse en primera división. En las siguientes temporadas, el club de Santa Anita realizó fichajes que le dieron mayor protagonismo a nivel local.
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En 2006 disputaron su primer torneo internacional al jugar la Copa Sudamericana y caer eliminado ante Coronel Bolognesi. En 2007 llegó su primera consagración. De la mano de Leao Butrón, Pedro García, John Hinostroza, Jorge Huamán, Hernán Rengifo, entre otros, logró el título del Campeonato Descentralizado.
En 2008 volvieron a ganar la primera división al mantener la base del plantel que un año antes logró el título y sumar algunos jugadores como Josepmir Ballón, Ronald Quinteros y Roberto Silva. Ambos campeonatos los ganaron bajo las órdenes de Víctor Rivera.
En 2009 no pelearon por el título, pero su regularidad le permitió clasificar a la Sudamericana del siguiente año. En 2011 lograron su tercer y último título de primera división. De la mano de Aníbal el ‘Maño’ Ruiz, derrotaron en la final a León de Huánuco. En aquella temporada, los santos tuvieron en German Alemanno, Pablo Vitti y Herber Arriola sus principales argumento de cara al título.
La Universidad San Martín empezó a perder protagonismo a partir de 2013. Con algunas altas y bajas, los de Santa Anita solo pudieron pelear torneos cortos. La política del club de no realizar grandes fichajes y apostar por jugadores jóvenes tuvo como consecuencia inmediata la pelea por no descender.
En los últimos años, San Martín fichó extranjeros jóvenes y basó su plantel en sus divisiones menores y los juveniles que podía incorporar a préstamo. En 2017, la escuadra santa empezó a ubicarse en los últimos puestos de la tabla acumulada e incluso llegó a las últimas fechas seriamente comprometida.
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El buen inicio de 2021, con clasificación para la final de la Fase 1, quedó en el olvido en la fase 2. En el segundo torneo del año, los santos solo sumaron siete unidades y alcanzaron los 26 puntos en el acumulado. Los albos quedaron en la décimo séptima casilla y el otro año deberán jugar la Liga 2.