La temporada no empezó bien y ya lo sucedido en el mercado de fichajes le dio alas a los escépticos.
El Borussia Dortmund, sobre el papel el principal competidor del Bayern, había hecho una ofensiva con la llegada de Julian Brandt, Thorgan Hazard y Mats Hummels, que había dejado el club bávaro.
El Bayern había fichado a dos defensas, Lucas Hernández y Benjamin Pavard -eso había precipitado la marcha de Hummels- y dos promesas, Michaël Cuisance y Fiete Arp, y, a última hora, había incorporado como cedidos a Ivan Perisic y a Philippe Coutinho.
En opinión de la mayoría era demasiado poco para compensar la marcha de Arjen Robben y Franck Ribery. El costo del fichaje de Hernández, 80 millones de euros para un jugador que llegaba lesionado, causó además mucho escepticismo.
El desarrollo de la primera parte del torneo pareció darle la razón a los escépticos. En la décima jornada el Bayern había encajado un 5-1 ante el Eintracht Fráncfort, que había precipitado la destitución de Niko Kovac.
Flick asumió entonces el cargo, primero como interino, y el equipo tuvo una gran reacción al derrotar en la siguiente jornada por 4-0 al Dortmund.
La segunda victoria de la era Flick en la Bundesliga fue ante el Fortuna Düsseldorf a domicilio, por 0-4.
Sin embargo, después vinieron dos derrotas consecutivas, contra el Bayer Leverkusen y el entonces líder Borussia Mönchengladnach, que llegaron a hacer pensar que el llamado efecto Flick había desaparecido.
El Bayern cayó entonces al séptimo lugar, la peor clasificación que tuvo a lo largo de la temporada,con siete puntos menos que el Gladbach.
Se habló entonces de que los rivales le habían perdido el respeto al Bayern y de que -pese a los síntomas de recuperación con la llegada de Flick- la goleada encajada ante el Eintracht seguía afectando al equipo.
Sin embargo, pese a las derrotas, después se vio con claridad que Flick había vuelto a unir al vestuario.
Además logró que Thomas Müller volviera a ser uno de los motores del equipo desde el centro del campo y tomó algunas decisiones que resultaron providenciales como el trasladar a Joshua Kimmich al centro del campo o convertir a Alphonso Davies en lateral izquierdo.
Después, el Bayern no volvió a perder, solo cedió puntos en un empate sin goles ante el Leipzig cuando ya era líder, y de victoria en victoria fue recortando terreno.
Al terminar la primera ronda y empezar la pausa de verano el RB Leipzig era líder con cuatro puntos de ventaja sobre el Bayern. El Gladbach era segundo y el Dortmund cuarto.
En la segunda ronda el Leipzig y el Gladbach tuvieron un fuerte bajón y la disputa por el título se convirtió en una lucha entre el Bayern y el Dortmund.
El Bayern asumió el liderato a falta de 14 jornadas para que terminase la Bundesliga y no lo volvió a soltar.
El parón forzado por la pandemia del coronavirus tampoco afectó a los bávaros que, tras el regreso, siguieron sumando sus partidos por victorias.
Las dudas que podían quedar se disiparon cuando en el duelo a domicilio contra el Dortmund, que estaba cuatro puntos por debajo, el Bayern se impuso por 0-1, con un gran gol de Joshua Kimmich.
El Bayern, tras esa victoria, todavía no era matemáticamente campeón pero los siete puntos de ventaja eran una renta que hacía improbable que la carrera por el título se abriera nuevamente.
Ante el Bremen todo quedó consumado. Ahora al Bayern de Flick le queda la final de la Copa de Alemania, que jugará el 4 de julio contra el Leverkusen, y lo que queda de la Champions League en la que ha ganado en esta temporada todos los partidos que ha disputado.