No hay un solo jugador que vista la playera de la selección mexicana que no respete al Patrón. Incluso, los entrenadores le piden consejos. Las últimas generaciones recuerdan sus triunfos con el Barcelona y los partidos de jerarquía con el Tricolor. De ahí que aplaudan esa visión de campo que tiene, aquellos trazos precisos que conserva, y la buena marca que los años invariablemente mancharon con cierta lentitud.
El tiempo hace sus estragos, y él no se ha escapado de ello. Desde 2015, Rafa ha sufrido ocho lesiones, claro que años atrás también hay registro de otras importantes, pero en especial, los últimos años han marcado una constante, y se ve complicado que con 39 años llegué al ciento por ciento al Mundial de Rusia. Aunque claro, las cualidades que aún destaca serían un gran aporte para el conjunto que dirige Juan Carlos Osorio.
En 2009 se dañó el menisco externo de la rodilla izquierda. En agosto de ese mismo año tampoco pudo participar con selección mexicana en el duelo del Hexagonal frente a Estados Unidos, el cual se disputó en el estadio Azteca.
En enero de 2013, el defensor sufrió una contractura muscular en la pierna izquierda en el debut de León en la Copa Libertadores frente a Deportes Iquique, de Chile. En Liga, en el Clausura 2013 no jugó contra Chivas ni Puebla. Esas solo son algunas.
En marzo de 2015 quedó fuera de dos partidos de preparación con el combinado azteca frente a Ecuador y Paraguay. Se resintió de la rodilla en una práctica con el Hellas Verona de que lo hizo perderse la fecha 26 del Calcio italiano. Ese mismo año, el entonces entrenador del conjunto nacional, Miguel Herrera, eligió a Rafa como su líder para la Copa América de Chile. Era una selección con varios elementos poco recurrentes en el Tricolor, por ello se requería su experiencia y el liderazgo.
En el primer duelo de la fase de grupos del torneo ante Bolivia sufrió una lesión fi brilar en el muslo anterior de la pierna izquierda. Se perdió los últimos dos duelos ante Chile y Ecuador.
El 21 de septiembre de nueva cuenta causó alarma, luego de que se retiró al minuto 70 del duelo frente al Atalanta por una contractura en el muslo derecho. Se creía que no estaría disponible para el choque contra Estados Unidos al mes siguiente, el cual definía el pase a la Copa Confederaciones de Rusia; sin embargo, se recuperó y fue titular.
A inicios de noviembre salió de cambio en el duelo entre el Verona y el Carpi al minuto 59, la causa fue un tirón en el abductor de la pierna derecha. Así que, no pudo participar en el debut de Juan Carlos Osorio como entrenador del Tricolor ante El Salvador y Honduras.
En la jornada 2 del Clausura 2016, en un duelo entre Atlas y América, Rafa salió del campo por una lesión fibrilar en el muslo posterior izquierdo. Por ello, se perdió dos jornadas (ante Monterrey y Pumas).
En marzo del 2016, Juan Carlos Osorio lo requirió para enfrentar a Canadá al que enfrentarían en dos ocasiones continuas en la eliminatoria rumbo a Rusia 2018. En Vancouver jugó 45 minutos como capitán, pero fue sustituido por una molestia en el abductor izquierdo.
En febrero de 2017, México jugó un amistoso frente a Islandia en Las Vegas, Márquez Álvarez salió al 53', pues sufrió una molestia en el muslo posterior derecho. Debido a ello, se perdió el clásico tapatío ante el Guadalajara.
Además, claro, la lumbalgia por la cual fue operado, la cual se agravó tras el duelo que protagonizó la selección mexicana frente a Costa Rica en el Estadio Azteca el mes pasado. Incluso, Rafa ya no hizo el viaje a Puerto España, en donde se midieron a Trinidad y Tobago. Tras la operación que le realizaron por dicha situación, se estima un tiempo de recuperación de seis semanas. Se ve muy complicado que lo arriesguen en Copa Confederaciones o Copa Oro.