La carrera que hizo Paolo Guerrero en Alemania con el Hamburgo está infravalorada, ya que tuvo temporadas destacadas. Uno de ellas, fue la 2008-09, año en el que se quedó cerca de disputar la primera final internacional de su carrera: La Copa de la UEFA.
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El 'Depredador' para ese tiempo ya era titular indiscutible del 'Dinosaurio', al tal punto que su técnico, Martín Jol, llegó a decir que "no podía ni resfriarse". Por ello, afrontó el certamen internacional de ese año con todo el entusiasmo posible, y vaya que no le fue mal, pues marcó cuatro goles en 12 partidos.
Hamburgo terminó primero en su grupo, lo que le valió para clasificar a los dieciseisavos de final del certamen. En esta instancia, se midió contra Nijmegen de Holanda, al que venció fácilmente tanto en la ida (3-0), como en la vuelta (1-0). Pero lo mejor comenzaría en octavos, ya que aquí los alemanes se enfrentaron al Galatasaray de Turquia. Los turcos sorprendieron al robar un empate (1-1) en Alemania, así que tenían todo para imponerse en la vuelta. Sin embargo, Paolo Guerrero se haría presente con un doblete en Estambul para dar el golpe definitivo. Ese día su equipo ganó 3-2 y pasó a los cuartos del certamen.
En esta ronda, al Hamburgo le tocó nada más que el Manchester City, que para ese tiempo ya empezaba a despegar. Ambos partidos fueron muy peleados, pero nuevamente Guerrero hizo la diferencia. En Alemania, Hamburgo ganó 3-1 y el peruano marcó el tercer gol de su equipo. En Inglaterra, el City se impuso 2-1, pero gracias a que el 'Depreador' anotó el único tanto de su club, los alemanes pudieron meterse entre los cuatro mejores del certamen por el resultado global (4-3).
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En la semifinal, hubo choque de peruanos, ya que el Hamburgo se enfrentó al Werder Bremen, otro gran equipo de la Bundesliga donde militaba Claudio Pizarrro. En la ida jugada en el estadio del Bremen, pese a no marcar, Guerrero tuvo una destacada actuación, la cual sirvió para que su equipo ganara 1-0 y se ilusione con la ansiada final. No obstante, en este partido le sacaron amarilla al atacante peruano, algo que el técnico lamentó en el alma, ya que esto impidió que el nueve juegue la revancha por acumulación de tarjetas. En la vuelta, el Bremen de Pizarro apeló a toda su historia, pues ganó 3-2 y logró pasar gracias al gol de visitante. Si que influyó la ausencia de Guerrero en la vuelta.
De esta manera, fue como el peruano se quedó sin la copa de la UEFA (hoy llamada Europa League). Lamentablemente, no tuvo revancha en dicha competición para sacarse la espina. En aquella temporada, fue el tercer goleador de su club, solo por detrás de Rafael Van der Vaart y de Ivica Olic.
Cabe resaltar, que Pizarro tampoco pudo levantar el titulo internacional, ya que su club perdió en la final ante el Shakhtar Donetsk.
Como se recuerda, el delantero nacional sigue sin equipo tras su breve paso con Avai, donde terminó descendiendo esta temporada. Pese a que en los últimos meses se le ha vinculado a Alianza Lima, su futuro sigue siendo incierto.