Jaguares fue fundado en el 2002, luego de que Irapuato no pudiera permanecer en Veracruz, ya que Tiburones Rojos habían obtenido su ascenso, motivo por el cual tuvieron que buscar una sede en otro estado, llegando a Tuxtla Gutiérrez, ya con el nombre que hoy conocemos.
Su debut fue en el Apertura 2002, jugando en el Estadio Azul, debido a que el Víctor Manuel Reyna aún no estaba terminado; Chiapas participó en su casa por primera vez ante Chivas.
En su primer torneo, los de La Selva no obtendrían buenos resultados, ya que quedarían en el penúltimo lugar (19) de la tabla.
Para el Clausura 2003, Chiapas estaría peleando el no descenso, pues los malos resultados en el club continuaban; sin embargo, lograron rescatar puntos importantes en sus último para permanecer en Primera División.
Fue hasta el Clausura 2004, que el cuadro chiapaneco entraría a su primera liguilla, tras hacer 42 puntos; a pesar de ello, cayeron Cuartos de Final. En el siguiente certamen, nuevamente se había posicionado dentro de los lugares de la Fiesta Grande, pero tras no cumplir con los minutos reglamentarios en jugadores menores de 20 años, se les descontaron tres puntos, dejándolos fuera de la pelea por el título.
Pero no pasó mucho tiempo para que regresaran a una liguilla, pues para el Clausura 2006, calificaron nuevamente, siendo derrotados por Chivas.
En el Clausura 2008 y 2009 calificaron a la Fiesta Grande, pero no lograron pasar de los Cuartos de Final.
Un certamen más tarde, Jaguares cambió de dueños, de escudo y presentaron al nuevo cuerpo técnico, el cual estuvo a cargo de José Guadalupe Cruz.
En el Apertura 2006, los chiapanecos obtuvieron su mayor logró en su historia en el máximo circuito, al calificar a la Copa Libertadores, luego de estar dentro de los primeros lugares de la tabla (6), pues la FMF descartó a los que competían en la Concachampions. En ese mismo torneo clasificaron a la liguilla, pero se quedaron nuevamente en Cuartos de Final.
Durante su participación en el torneo de Conmebol, la escuadra chiapaneca tuvo una gran participación, metiéndose hasta los Cuartos de Final, donde cayó ante Cerro Porteño; mientras que en la liga no tuvo la misma suerte, pues solo sumó 14 puntos.
2013, cambio de franquicia ¿el declive de Chiapas?
Los bajos resultados del equipo, llevaron al gobierno a vender la franquicia para que Querétaro no perdiera la categoría, un hecho que acusó descontento con la afición, pues el equipo cambiaría de sede.
Más tarde, con todos los movimientos que suelen darse en el futbol mexicano, San Luis buscó un nuevo lugar para poder jugar, ya que Veracruz (Ascenso MX) se mudó a ese estado para llamarse Atlético San Luis, motivo por el cual, el club que pertenecía a la Primera División fue vendida, aunque en esta ocasión ya no se llamaría Jaguares, sino Chiapas Futbol Club, conservando el escudo y los colores de Jaguares.
Ahora, con el nombre de Chiapas, el club calificó a una liguilla hasta el Apertura 2014, al quedar en la quinta posición con 28 puntos; aunque fueron eliminados en la primera fase a pesar de empatar 2-2 con Toluca, pero por mejor posición, avanzaron los Diablos Rojos.
A partir del Clausura 2016 vinieron los grandes problemas para los de la selva, pues los resultados eran bajos, dejaron atrás a aquel equipo que calificaba en las primeras posiciones y que con el paso del tiempo salieron a la luz la falta de pagos a jugadores, administrativos y cuerpo técnico; un sinfín de circunstancias que llevaron a Chiapas al descenso.