No será la primera vez que Francisco Pizarro asuma como técnico de Alianza Lima. Tras la salida de Gustavo Roverano, el ex arquero volverá a dirigir al cuadro íntimo.
En el 2013 ya tuvo la oportunidad de dirigir a Alianza Lima luego de la renuncia de Wilmar Valencia y mal no le fue. Pizarro trabajó junto a Martín Quintero y Miguel Ángel Arrué y clasificó a la Copa Sudamericana.
Alianza Lima: Roverano se fue y lo reemplazarán Pizarro y Jayo ⏩ https://t.co/Z6Pm9Jh4Fz pic.twitter.com/LLodIV8QPk
— DT El Comercio (@DTElComercio) octubre 29, 2015
Dirigió nueve partidos entre octubre y noviembre en las liguillas y logró cuatro victorias, cuatro empates y solo una derrota. En ese plantel de Alianza Lima estaban Walter Ibáñez, Henry Quinteros, Wilmer Aguirre, Junior Ponce, Mauro Guevgeozián, entre otros.
Su debut fue de visita ante César Vallejo y cayó goleado en Trujillo, pero luego tuvo una racha de tres victorias seguidas que lo metieron en la lucha del título.
Sin embargo, Alianza Lima empató con Cristal en Matute y las chances se fueron, ya que luego tuvo una serie de empates.
Así le fue a Francisco Pizarro como técnico de Alianza en el 2013:
| PARTIDO | RESULTADO |
| César Vallejo vs. Alianza Lima | 3-0 |
| Alianza Lima vs. Pacífico FC | 3-0 |
| Alianza Lima vs. Real Garcilaso | 2-1 |
| Unión Comercio vs. Alianza Lima | 1-2 |
| Alianza Lima vs. Sporting Cristal | 0-0 |
| Melgar vs. Alianza Lima | 1-1 |
| Alianza Lima vs. Sport Huancayo | 1-1 |
| Pacífico FC vs. Alianza Lima | 1-5 |
| Alianza Lima vs. César Vallejo | 1-1 |