En el año de su centenario, el 2015, FBC Melgar levantó el trofeo de campeón del fútbol peruano en Arequipa, ganando a Sporting Cristal por 3-2 con un golazo de Bernardo Cuesta en el último minuto. El capitán Ysrael ‘Cachete’ Zúñiga levantó dicha copa, que significó la segunda estrella para el equipo arequipeño.
El 31 de enero de 1982, el FBC Melgar, con 90% de jugadores arequipeños, empató 1-1 con Sporting Cristal en el estadio Nacional de Lima y fue campeón del torneo de 1981. Genaro Neyra hizo el gol del empate.
En julio del 2017, el FBC Melgar ganó el Torneo de Verano venciendo por la vía de los penales a UTC de Cajamarca en el estadio Héroes de San Ramón. Patricio Arce convirtió el gol del triunfo. El Dominó seguía bajo la dirección técnica de Juan Reynoso, campeón en el 2015.
En noviembre del 2018, el conjunto rojinegro ganó el Torneo Clausura en un complicado partido ante la San Martín. Los dirigidos por el colombiano Hernán Torres, con el goleador Bernardo Cuesta, festejaron en el estadio Alberto Gallardo.
Con el aporte de ‘Cachete’ Zúñiga, en la primera temporada de Alexis Arias en el FBC Melgar, el equipo de reserva logró el campeonato en el 2014, siendo dirigidos por Miguel Miranda, que en paz descanse.