No cabe duda que Sporting Cristal realizó diversos cambios con la llegada de Roberto Mosquera en el 2012. Roberto Palacios se retiró, los jugadores extranjeros el club, y experimentados como Juan Diego González Vigil y Piero Alva tuvieron que buscar otras oportunidades.
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En ese sentido, uno de los jugadores que dejó el club poco antes de que el técnico fuera anunciado fue Juan Diego Lojas, quien había estado en el club bajopontino desde el 2008. Posteriormente, el jugador llegaría a escuadras como León de Huánuco y Real Garcilaso.
En el 2019, el defensor lograría salir campeón del a Liga 2 con Cienciano del Cusco. De esta manera, el equipo lograría disputar la primera división del fútbol peruano por primera vez desde el 2015.
Tres años más tarde, Lojas firmaría por Atlético de Sullana, escuadra con la que disputaría la Liga 1. A lo largo de la temporada, el back disputó 18 partidos y realizó una asistencia.
Juan Diego Lojas dejó Alianza Atlético en noviembre del 2022
Este mes, el 'Vendaval' anunció la salida de diversos jugadores del equipo, como Franco Zanelatto, Joyce Conde, Mauricio Montes, Kleiber Palomino, Diego Penny y Marcio Valverde. Entre ellos también se encontraba el nombre de Juan Diego Lojas, quien tendrá que buscar un nuevo club de cara a la próxima temporada.