El delantero del conjunto bávaro apareció en el minuto 89 para rescatar a sus compañeros, que tuvieron muchos problemas para sacar adelante una eliminatoria que se puso cuesta arriba con el tanto en propia meta de la del canadiense Alphonso Davies en la primera parte.
Con nombres en el banquillo como los del austriaco David Alaba, el brasileño Coutinho, el polaco Robert Lewandowski o el propio Müller, el cuadro del técnico Niko Kovac tuvo que reaccionar en los segundos 45 minutos para no acabar la competición antes de tiempo.
Coutinho, Lewandowski y Müller entraron al campo en el segundo acto y el Bayern, que firmó una primera parte muy gris, reaccionó para dar la vuelta al marcador en los últimos diez minutos.
El primero en acertar fue Serge Gnabry, que aprovechó un centro de Joshua Kimmich para marcar a placer con una volea el gol del empate que daba aire al Bayern Múnich.
Después, justo al final, y tras la expulsión del jugador del Bochum Armel Bella-Kotchap, Müller remató a la red un centro de Kingsley Coman para que el Bayern certificara su sufrida clasificación.